Богобоязненный Федор Иоаннович закладывал главный храм в надежде, на избавление жены Ирины от бесплодия. Поэтому храм его был освящен в честь христианского праздника Зачатия праведной Анны, «егда зачат Пресвятую Богородицу», отмечаемого 9 декабря по старому стилю. Небеса этих молитв не расслышали… Позднее монастырь был перестроен в готическом духе знаменитым московским зодчим Матвеем Федоровичем Казаковым.

Внутренний ансамбль монастыря был разрушен в 1930-е годы, а собор Зачатия Анны был взорван. Хорошо сохранились только надвратная церковь и внешние стены. Надвратный храм монастыря, освященный во имя образа Нерукотворного Спаса, теперь представляет собою одну из древнейших построек Остоженки, он был возведен в первые годы правления Петра I, в самом конце XVII в.

Сейчас ведутся работы по воссозданию главного храма и убранства монастыря. В монастыре уже живут и молятся послушницы. Зачатьевский монастырь имеет статус ставропигиального, то есть находится под началом самого Патриарха Московского и всея Руси Алексия II.

Совсем недавно центром монастырского ансамбля было мрачное школьное здание, выстроенное в предвоенные годы вместо уничтоженного собора. Любопытно, что поставленная на святом месте школа N36 странным образом переняла некоторые монастырские традиции. По воспоминаниям бывшего ученика школы Aнатолия Мурадова, каждый учебный год начинался одним и тем же ритуальным действом: из дверей выходил директор, торжественно, как икону, выносивший на двор деревянную раму с благодарственной грамотой за подписью Сталина.

Старшеклассники ставили посреди двора стул, на него водружали перепуганного первоклашку, вручали ему грамоту, после чего директор рассказывал ее историю, которую все присутствующие знали наизусть. Потом рама возвращалась на почетное место в вестибюле и висела там до следующего первого сентября.